與傳統(tǒng)的液相色譜（HPLC）相比，UPLC具有以下優(yōu)勢(shì)：
1.高分離度（ultra resolution）
根據(jù)液相色譜分離的解析度方程，解析度正比于柱效能的平方根
而根據(jù)范迪姆特（Van Deemter）色譜理論，柱效反比于系統(tǒng)固定相粒度大小。UPLC系統(tǒng)運(yùn)用的固定相粒度能達(dá)到1.7μm，根據(jù)上述方程，該系統(tǒng)達(dá)到的效能將比5μm粒度系統(tǒng)高70%，而比3.5μm高40%。
2. 高速度（ultra speed）
在保證得到同樣質(zhì)量數(shù)據(jù)的前提下，UPLC能提供單位時(shí)間內(nèi)更多的信息量。在不影響解析度的的情況下，小粒度能提供更高的分析速度，同樣也能使柱長(zhǎng)減少，根據(jù)Van Deemter色譜理論，*流速反比于粒度大小。
例如，運(yùn)用1.7μm的顆粒，相對(duì)于5μm顆粒，在不影響柱效的情況下，柱長(zhǎng)將可以立方級(jí)的減少，而且可以在3倍的流速下運(yùn)行，相同的解析度情況下，分離速度提高了9倍。
3. 靈敏度（sensitivity）
過去對(duì)于提高靈敏度的研究大都集中于檢測(cè)器上，不論是光學(xué)檢測(cè)器還是質(zhì)量檢測(cè)器。但是，其實(shí)運(yùn)用UPLC也能提高分析的靈敏度。
UPLC能提高柱效N，從而使峰寬w變的更窄，而峰高卻增加了，同時(shí)，由于UPLC運(yùn)用了更短的柱子（柱長(zhǎng)L更?。M(jìn)一步增加了峰高。因此，在提高柱效的同時(shí)，運(yùn)用1.7μm的UPLC系統(tǒng)比5μm和3.5μm的系統(tǒng)靈敏度分別提高了70%和40%，而在柱效下相同情況下，能分別提供3倍和2倍的靈敏度。
在儀器工藝方面，Waters ACQUITY UPLC采用了新型的色譜填料及裝填技術(shù)，配備了的超高壓液相色譜泵、自動(dòng)進(jìn)樣器、高速檢測(cè)器，并優(yōu)化了系統(tǒng)的綜合設(shè)計(jì)，使儀器分析能力大大增強(qiáng)。
由于UPLC是一個(gè)新興的領(lǐng)域，與傳統(tǒng)的HPLC相比，UPLC的速度、靈敏度及分離度分別是HPLC的9倍、3倍及1.7倍。目前，UPLC多應(yīng)用于代謝組學(xué)分析及其他一些生化領(lǐng)域，在天然產(chǎn)物的分析方面運(yùn)用也逐漸興起，因?yàn)樵谶@些領(lǐng)域深入研究需要更高的分析精度。使用UPLC與Q-Tof-MS或trap-tof-MS等質(zhì)譜檢測(cè)器連接，對(duì)天然產(chǎn)物分析，特別是中藥研究領(lǐng)域的發(fā)展將是一個(gè)極大的促進(jìn)。
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